La ecología industrial y la Termoeconomía tienen su principal aplicación en las industrias intensivas en energía e industrias de proceso. Ambas ideas basan su metodología teórica en la propiedad física exergía, con el fin de mejorar la eficiencia energética y la sostenibilidad medioambiental de sus procesos, permitiendo además evaluar y analizar la degradación energética de los recursos naturales.

CIRCE realiza diagnósticos termoeconómicos de plantas y procesos en la industria, y estudia la posible integración energética de flujos y procesos a nivel de planta, polígono industrial y /o parque tecnológico. Además se ocupa de realizar la evaluación exergética de recursos naturales (minerales, combustibles fósiles) y analiza su coste de reposición.