PINE constará de cuatro fases principales: la creación de un modelo de referencia para realizar auditorías energéticas, la formación de los técnicos encargados de realizar un proceso de preauditoría en las PYMES, la fase de auditoría y la implementación de las medidas de ahorro.

La fase de la auditoría comprenderá a su vez de dos etapas:
Por un lado se realizará una campaña de concienciación para PYMES, informándolas e involucrándolas en las actividades del proyecto. Se seleccionarán 40 empresas de cada país participante para tomar parte en la fase preliminar de la auditoría , en la que se identificarán sus principales consumos y se valorará la necesidad de una auditoría en mayor profundidad. Esta auditoría preliminar está destinada a identificar el potencial de ahorro y voluntariedad de cada PYME para implantar las recomendaciones y medidas en sus instalaciones.

Posteriormente y de acuerdo a esos criterios, en 20 de estas empresas por país se realizará una auditoría en profundidad, que incluirá un análisis detallado de campo, identificando soluciones técnicas disponibles en el mercado. Los expertos sugerirán tanto medidas de bajo coste, que puedan ser implementadas a corto plazo con una mínima inversión, como cambios más significativos que pudieran conducir a mayores ahorros pero que requirieran mayor inversión.

Dado que acometer una alta inversión puede suponer una barrera para las PYMES, el equipo de expertos también proporcionarán información sobre posibles programas de financiación de ámbito local, regional o nacional.